Создание XML подписи

static XmlDocument SignXmlFile(
    XmlDocument doc,
    AsymmetricAlgorithm Key,
    CpX509Certificate Certificate,
    string DigestMethod = CpSignedXml.XmlDsigGost3411_2012_256Url)
{
    // Создаем объект SignedXml по XML документу.
    CpSignedXml signedXml = new CpSignedXml(doc);

    // Добавляем ключ в SignedXml документ. 
    signedXml.SigningKey = Key;

    // Создаем ссылку на node для подписи.
    // При подписи всего документа проставляем "".
    CpReference reference = new CpReference();
    reference.Uri = "";

    // Явно проставляем алгоритм хэширования,
    // по умолчанию SHA1.
    reference.DigestMethod = DigestMethod;

    // Добавляем transform на подписываемые данные
    // для удаления вложенной подписи.
    CpXmlDsigEnvelopedSignatureTransform env =
        new CpXmlDsigEnvelopedSignatureTransform();
    reference.AddTransform(env);

    // Добавляем СМЭВ трансформ.
    signedXml.SafeCanonicalizationMethods.Add("urn://smev-gov-ru/xmldsig/transform");
    XmlDsigSmevTransform smev =
        new XmlDsigSmevTransform();
    reference.AddTransform(smev);

    // Добавляем transform для канонизации.
    CpXmlDsigC14NTransform c14 = new CpXmlDsigC14NTransform();
    reference.AddTransform(c14);

    // Добавляем ссылку на подписываемые данные
    signedXml.AddReference(reference);

    // Создаем объект KeyInfo.
    CpKeyInfo keyInfo = new CpKeyInfo();

    // Добавляем сертификат в KeyInfo
    keyInfo.AddClause(new CpKeyInfoX509Data(Certificate));

    // Добавляем KeyInfo в SignedXml.
    signedXml.KeyInfo = keyInfo;

    // Можно явно проставить алгоритм подписи: ГОСТ Р 34.10 2012 256
    // Если сертификат ключа подписи ГОСТ Р 34.10 2012 256
    // и алгоритм ключа подписи не задан, то будет использован
    // XmlDsigGost3410_2012_256Url
    // signedXml.SignedInfo.SignatureMethod =
    //     CPSignedXml.XmlDsigGost3410_2012_256Url;

    // Вычисляем подпись.
    signedXml.ComputeSignature();

    // Получаем XML представление подписи и сохраняем его 
    // в отдельном node.
    XmlElement xmlDigitalSignature = signedXml.GetXml();

    // Добавляем node подписи в XML документ.
    doc.DocumentElement.AppendChild(doc.ImportNode(
        xmlDigitalSignature, true));

    // При наличии стартовой XML декларации ее удаляем
    // (во избежание повторного сохранения)
    if (doc.FirstChild is XmlDeclaration)
    {
        doc.RemoveChild(doc.FirstChild);
    }

    return doc;
}

Проверка XML подписи

static bool ValidateXmlFIle(XmlDocument xmlDocument)
{
    // Ищем все node "Signature" и сохраняем их в объекте XmlNodeList
    XmlNodeList nodeList = xmlDocument.GetElementsByTagName(
        "Signature", CpSignedXml.XmlDsigNamespaceUrl);

    // Проверяем все подписи.
    bool result = true;
    for (int curSignature = 0; curSignature < nodeList.Count; curSignature++)
    {
        // Создаем объект SignedXml для проверки подписи документа.
        CpSignedXml signedXml = new CpSignedXml(xmlDocument);

        // добавляем SMEV трансформ
        signedXml.SafeCanonicalizationMethods.Add("urn://smev-gov-ru/xmldsig/transform");

        // Загружаем узел с подписью.
        signedXml.LoadXml((XmlElement)nodeList[curSignature]);

        // Проверяем подпись и выводим результат.
        result &= signedXml.CheckSignature();
    }
    return result;
}